细胞特异顺式调控元件预测模型

多模态离散嵌入

整合序列、染色质可及性与互作数据，实现顺式调控元件的准确分类与细胞类型特异性鉴定。

Cui, Xuejian · Yin, Qijin · Gao, Zijing · Li, Zhen · 陈潇扬 · Lv, Hairong · Chen, Shengquan · Liu, Qiao · Zeng, Wanwen · 江瑞

Nature Communications 2025

技术优势

多模态整合

同时利用序列、染色质可及性和互作数据，比单一数据类型更全面地刻画调控元件。

细胞类型特异

模型可针对特定细胞类型进行预测，揭示调控元件的细胞特异性。

可解释嵌入

离散嵌入不仅支持分类，还能提供定量的特征解释，揭示调控编码。

应用场景

• 基因调控网络解析：用预测的细胞类型特异CREs构建更准确的调控网络。
• 细胞类型特异性标记物：鉴定细胞类型特异性CREs，作为标记物。
• 表观基因组编辑：为表观基因组编辑提供靶点，指导精确编辑。
• 性状关联变异定位：评估CRE变异对性状的影响，辅助定位疾病相关变异。