L. abyssinica叶绿体基因组

葫芦科系统发育新资源

完整组装并注释了Lagenaria abyssinica的叶绿体基因组，为葫芦科分类和分化时间提供分子资源。

Haixia, Xu · Gongmin, Yu · Dong, Xiang · Yang, Jiaxin · Rono, Peninah Cheptoo · Ying, Tan · 蔡秀珍 · Guang-Wan, Hu

Genetic Resources and Crop Evolution 2025

参数信息

叶绿体基因组全长

156,800 bp

大单拷贝区长度

86,478 bp

小单拷贝区长度

17,992 bp

反向重复区长度

26,165 bp

基因总数

132

蛋白编码基因数

87

tRNA基因数

37

rRNA基因数

8

技术优势

填补数据空白

首次组装并注释L. abyssinica的完整叶绿体基因组，为后续研究提供分子基础。

揭示选择压力

鉴定出20个高度变异位点和32个正选择基因，可用于分子标记开发。

解析系统发育关系

系统发育树表明Lagenaria与Citrullus互为姐妹群，为分类提供了新见解。

助力DNA条形码

完整基因组可作为参考序列，推动葫芦科物种鉴定。

应用场景

• 葫芦科作物育种：利用高变位点开发标记，辅助葫芦科作物遗传改良。
• 植物系统发育研究：提供完整基因组数据，解析葫芦科内属间系统发育关系。
• DNA条形码开发：作为参考序列，推动葫芦科物种的DNA条形码鉴定。