保守位点lncRNA

跨物种功能等效

一类具有保守基因组位置和RBP结合位点模式的长非编码RNA，其敲除表型可被斑马鱼同源物挽救，为研究脊椎动物发育调控提供工具。

Huang, Wenze · Xiong, Tuanlin · 赵雨婷 · Heng, Jian · 葛晗 · Wang, Pengfei · 赵志华 · 石明 · 李娟 · Wang, Jiazhen · Wu, Yixia · 刘峰 · 席建忠 · 汪阳明 · Zhang, Qiangfeng Cliff

Nature Genetics 2024

技术优势

跨物种可验证

同源lncRNA在人类、小鼠和斑马鱼中结合相似的RNA结合蛋白，功能依赖特定结合位点，因此可在低等模式生物中直接验证人类lncRNA功能。

表型可挽救

敲除或敲低导致的增殖缺陷和发育延迟，能分别被斑马鱼或人类同源物挽救，证明功能等效而非仅序列相似。

先算后验

计算流程lncHOME先基于保守性和RBP位点模式预测候选lncRNA，再通过CRISPR和救援实验验证，减少盲目筛选。

应用场景