红树莓单倍体基因组

以PacBio SMRT与Hi-C技术组装至七条染色体，LAI评分21.32达金标准，是红树莓遗传改良与比较基因组学的可靠参考。

张浩鹏 · 李巍华 · 李国东 · 刘家仁 · 陈洪生 · 张春鹏 · 赵金璐 · Zhang, Zhicheng · 吕强 · 张岩 · 杨国慧 · 刘鸣

International Journal of Genomics 2024

参数信息

基因组组装大小

321.29 Mb

LAI评分

21.32

重复序列比例

52.3 %

长末端重复序列比例

24.15 %

蛋白编码基因数目

29814

特有基因家族数目

652

扩张基因家族数目

1000

收缩基因家族数目

5193

技术优势

组装到染色体水平

利用PacBio SMRT与Hi-C技术将321.29 Mb基因组挂载到七条染色体，可直接用于基因定位和标记开发，无需再做基础拼接。

达到金标准质量

LAI评分为21.32，属于gold quality，证明组装完整性和连续性优秀，能够支撑高置信度的基因结构预测。

注释信息完整

注释覆盖52.3%重复序列和29,814个蛋白编码基因，包括2474个假基因，为功能研究和基因编辑提供详尽的靶点信息。

揭示特有基因家族

鉴定出652个特有基因家族，以及1000个扩张和5193个收缩的家族，可用于挖掘树莓特异性状相关基因。

应用场景

• 红树莓分子育种：利用高质量参考基因组定位性状基因和开发标记，加速抗病、品质等性状的选育。
• 果树比较基因组学：提供蔷薇科果树进化分析的新节点，揭示基因家族扩张收缩与物种分化关系。
• 功能性食品开发：为树莓功能成分合成相关基因的挖掘提供序列基础，辅助开发高营养价值品种。