平凉红牛拷贝数变异图谱

牛肉嫩度与大理石纹遗传标记

为平凉红牛建立了全基因组拷贝数变异图谱，鉴定出与屠体和肉质性状相关的品种特异性区域及候选基因，为分子育种提供依据。

马骏 · Wang, Jing · 张路培 · 徐凌洋 · 陈燕 · Zhu, Bo · Wang, Zezhao · 高会江 · 李俊雅 · 高雪

International Journal of Molecular Sciences 2024

参数信息

拷贝数变异区域（CNVR）总数

755

CNVR总长度

81.03 Mb

CNVR占常染色体基因组比例

3.24 %

品种特异性CNVR数量

270

品种特异性CNVR中拷贝数增加数量

143

品种特异性CNVR中拷贝数缺失数量

73

品种特异性CNVR中混合事件数量

54

技术优势

品种特异性区域多

发现了270个潜在的品种特异性CNVR，这些区域可能是平凉红牛特色性状（如嫩度、大理石纹）的遗传基础，为分子标记开发提供了丰富候选。

直指肉质候选基因

通过网络和转录组联合分析，锁定CACNA2D1、CYLD、UBXN2B、TG、NADK和ITGA9等基因，与屠体重和肌内脂肪沉积直接相关，可据此开发功能标记或实施标记辅助选择。

性状关联明确

功能注释显示这些特异性CNVR与屠体、肉质、繁殖、外貌、生长和健康性状显著相关，育种者可优先关注这些区域，提高选择效率。

应用场景

• 肉牛分子育种：用品种特异性CNVR和候选基因开发标记，直接用于选育嫩度好、大理石纹丰富的个体。
• 肉品质遗传改良：针对与肌内脂肪沉积相关的基因（如TG、CACNA2D1），通过标记辅助选择改良肉品质。
• 牛基因组选择：将CNV信息整合进基因组选择模型，提高对屠体和肉质性状的预测准确性。