猪肌纤维类型鉴定

快慢肌分型清晰

一套转录组与ceRNA网络,揭示猪快慢肌纤维类型差异的分子基础,为肉质改良提供新靶点。

Wang, Yinuo · Xiaohui, Sun · Yang, Jinjin · 杨公社 · 廖明帜 · Jin, Jianjun · 史新

BMC Genomics 2024

参数信息

差异表达mRNA数
312
差异表达miRNA数
30
差异表达lncRNA数
183
差异表达circRNA数
3417

技术优势

分型依据过硬

通过冷冻切片和相关mRNA及蛋白检测,确认背最长肌以快酵解型肌纤维为主,比目鱼肌以慢氧化型肌纤维为主,为后续分子分析奠定可靠基础。

ceRNA网络找到核心节点

构建的ceRNA网络包含ssc-miR-378、ssc-miR-378b-3p、ssc-miR-24-3p、XR_308817、XR_308823、SMIM8、MAVS和FOS等多个核心节点,它们在肌肉发育中发挥重要作用。

miR-10家族差异表达

miR-10家族不同成员在氧化型和酵解型肌纤维中表达不同,其中miR-10a-5p在酵解型肌纤维中高表达,可能通过靶向MYBPH基因参与肌纤维类型转化。

PPI网络锁定关键蛋白

差异表达mRNA的PPI分析显示ACTC1、ACTG2和ACTN2基因具有最高节点度,提示它们在肌纤维类型决定调控网络中可能起关键作用。

应用场景