滇南 Pellacalyx 极危乔木基因组

染色体水平参考基因组

染色体水平高质量参考基因组揭示该极度濒危物种的种群历史与适应性限制机制，为保护策略制定提供关键遗传基础。

Shao, Shao · Li, Yulong · Feng, Xiao · 刘敏 · Guo, Zixiao · 何子文 · 施苏华 · 徐绍华

Molecular Ecology Resources 2024

参数信息

基因组组装大小

334 Mb

N50 长度

20.5 Mb

技术优势

基因组连续性高

组装达到染色体水平，N50 长度为 20.5 Mb，便于开展比较基因组学和适应性进化分析。

揭示衰退遗传机制

发现该物种经历多次种群缩减，积累了过量有害突变，遗传多样性降低，导致适应潜力下降。

定位种子休眠丢失

鉴定出种子休眠丧失与抑制 ABA 信号和种子成熟相关基因丢失有关，解释了繁殖困难的原因。

应用场景

• 珍稀濒危植物保护：利用基因组评估遗传多样性和有害突变，为迁地保护和遗传拯救提供决策。
• 植物进化历史研究：通过系统发育和分歧时间分析，揭示该属的起源和物种分化历史。
• 物种适应性评估：基于有害突变和基因丢失分析，预测物种对未来环境变化的适应潜力。
• 种子休眠机制研究：通过比较基因组鉴定种子休眠相关基因丢失，为恢复休眠提供靶点。
• 气候变化响应预测：结合种群历史和基因功能，评估该物种面对未来气候变化的适应能力。