尖峰蛋白PTM结构预测

首现PTM修饰结构

针对AlphaFold2忽略翻译后修饰的问题,该方法通过模拟氨基酸替换重建修饰后的尖峰蛋白结构,为抗体设计和药物靶点发现提供新途径。

周一青 · Shi, Wenhao · Nip, Dora C.N. · Shaojun, Tang

Research 2023

参数信息

鉴定PTM位点数
87

技术优势

纳入PTM影响

通过计算机模拟定点氨基酸替换来模仿翻译后修饰的理化性质变化,再用AlphaFold2重构结构,解决了AlphaFold2无法直接考虑PTM的问题。

可调节宿主结合

特定PTM可改变刺突蛋白与ACE2受体的结合亲和力,为调节病毒入侵和设计干预策略提供依据。

开源可复现

代码和补充材料在GitHub免费获取,研究者可输入自己的蛋白序列和PTM位点进行结构预测。

应用场景