低相似度加速16倍
基于Four Russians技术的线性空间算法,专为低相似度序列设计,超越现有WFA系列软件。
Yanming, Wei · Zhou, Tong · Yixiao, Zhai · 鱼亮 · 邹权
Briefings in Bioinformatics 2024
将 Four Russians 算法与 Hirschberg 分治策略结合,并行加速非启发式比对,在低相似度场景下显著减少计算时间。
无需启发式预处理即可将猴痘序列与其他序列进行全局比对,适用于病原体监测等场景。
与 Hirschberg 算法相同的 O(min(m,n)) 空间复杂度,内存占用不随序列长度平方增长。