GTE批次效应指标

直击基因层面的批次效应量化难题，让单细胞数据整合前的质量控制更有依据。

周扬 · Qiongyu, Sheng · 汪国华 · 徐丽 · 靳水林

Nature Computational Science 2025

技术优势

基因级批次效应可量化

提出GTE指标，对每个基因的批次效应给出数值评估，而非仅看细胞整体对齐。

只需三个基因即可检测

实验证明仅3个高批次敏感基因就足以引入显著批次效应，可作为快速筛查指标。

细胞级评估优于现有方法

GTE也能评估细胞水平的批次效应，且性能优于现有批次效应量化方法。

应用场景

• 单细胞数据标准化：先用GTE找出高批次敏感基因，再有针对性地标准化。
• 单细胞多组学整合：整合前用GTE量化各批次基因效应，指导数据合并策略。
• 单细胞实验质量控制：通过GTE检测批次敏感基因，作为实验质控指标。
• 机器学习批次校正：用GTE识别批次效应基因，为机器学习校正提供特征选择依据。