利用蛋白质语言模型构建基因关联网络,为空间转录组数据精准填补未测基因。
Yuansong, Zeng · Yujie, Song · Chengyang, Zhang · Haoxuan, Li · Yongkang, Zhao · Yu, Weijiang · Shiqi, Zhang · Zhang, Hongyu · 戴智明 · 杨跃东
Communications Biology 2024
通过基因-基因关系网络,填补后的表达谱能更好地反映细胞异质性,使细胞聚类更准确。
模型输出对参数变化稳健,无需精细调参即可获得一致结果,降低了使用门槛。
利用蛋白质语言模型ESM-2的蛋白嵌入构建基因网络,克服了现有方法忽略基因间相互作用的局限。