全长转座子检测算法

采用动态边界调整策略,在全长转座子识别中相比现有工具具有更高的准确性和鲁棒性。

Hu, Kang · Ni, Peng · Minghua, Xu · Zou, You · Gao, Xin · Li, Yaohang · 阮珏 · 胡斌 · 王建新

Nature Communications 2024

技术优势

减少人工校正

HiTE 的动态边界调整策略能准确界定全长转座子边界,降低注释错误,从而减少人工编辑工作量。

超越现有工具

HiTE 在多种物种上均优于当前最优的 RepeatModeler2,在准确性和鲁棒性上表现更好。

发现新转座子

HiTE 能识别出大量结构完整、含蛋白编码域的新转座子,部分插入关键基因并改变基因表达,为功能研究提供新靶点。

支持大规模流程

提供 Nextflow 版本,具备增强的并行性、可重现性和可移植性,适合大规模基因组项目。

应用场景