TFvelo RNA速率模型

不依赖剪接信息

该模型引入转录调控信息，无需剪接数据即可在各种单细胞数据集中准确推断RNA速率和细胞轨迹。

Li, Jiachen · 潘小勇 · Yuan, Ye · 沈红斌

Nature Communications 2024

技术优势

不依赖剪接信息

通过引入基因调控信息，模型绕过了对未剪接/已剪接mRNA比例的要求，适用于无剪接信息的单细胞数据。

相位图拟合更准

在合成数据和多个scRNA-seq数据集上，TFvelo能准确拟合相位图中的基因动态。

应用场景

• 单细胞轨迹推断：从表达矩阵直接推断细胞轨迹和伪时间，无需剪接数据。
• 基因调控网络分析：利用基因调控信息驱动RNA速率，揭示调控关系。
• 单细胞多组学数据建模：适用于缺乏剪接信息的多组学单细胞数据建模。
• 细胞状态预测：准确推断细胞状态和命运，支持细胞状态预测。