梅毒螺旋体全基因组数据集

Seña, Arlene Carmela; Matoga, Mitch M.; Yang, Ligang; López-Medina, Eduardo; Aghakhanian, Farhang; Chen, Jane S.; Bettin, Everton Burlamarque; Caimano, Melissa Jo; Chen, Wentao; Luna, Jonny Alejandro García; Hennelly, Christopher M.; Jiang, Yinbo; Juliano, Jonathan J.; Pospíšilová, Petra; Šmajs, David; Tucker, Joseph D.; Zheng, Heping; Hoffman, Irving F.; Yang, Bin; Anthony Moody, M.; Hawley, Kelly L.; Salazar, Juan C.; Radolf, Justin D.; Parr, Jonathan B.

梅毒螺旋体全基因组数据集

涵盖超过100株全球早期梅毒临床分离株的全基因组序列，为疫苗研发提供关键的分子流行病学基础。

Seña, Arlene Carmela · Matoga, Mitch M. · 杨立刚 · López-Medina, Eduardo · Aghakhanian, Farhang · Chen, Jane S. · Bettin, Everton Burlamarque · Caimano, Melissa Jo · 陈文韬 · Luna, Jonny Alejandro García · Hennelly, Christopher M. · Jiang, Yinbo · Juliano, Jonathan J. · Pospíšilová, Petra · Šmajs, David · Tucker, Joseph D. · 郑和平 · Hoffman, Irving F. · 杨斌 · Anthony Moody, M. · Hawley, Kelly L. · Salazar, Juan C. · Radolf, Justin D. · Parr, Jonathan B.

The Lancet Microbe 2024

参数信息

纳入患者数: 233
全基因组序列数: 113 株
患者中位年龄: 28 years
HIV合并感染比例: 24 %

技术优势

覆盖全球多地区

菌株来自中国、哥伦比亚、马拉维和美国四个国家，能反映不同地区的TPA流行株特征。

数据可直接用于抗原筛选

全基因组序列和注释已生成并存储，生物信息学团队可直接下载分析，用于疫苗抗原选择、分子诊断靶标鉴定和系统发育研究。

应用场景

梅毒疫苗研发：利用全基因组序列分析TPA表面蛋白变异，筛选保守抗原表位。
梅毒分子诊断：根据谱系特异SNV设计分子诊断靶标，提高检测准确性。
抗菌药物研发：通过基因组比较发现耐药相关突变，指导新型抗菌药物研发。
性传播感染流行病学：利用菌株地理聚类信息追踪传播网络，优化防控策略。