蛋白质序列设计模型 ProDESIGN-LE

设计准确且高效

通过简洁的残基局部环境表示学习，实现快速、准确的蛋白质序列设计，并在天然和幻觉蛋白上均达到先进水平。

黄彬 · Wang, Kaiyue · 张海仓 · Yu, Chungong · Wei-mou Zheng, · 樊峥 · 孙世伟 · 叶盛 · 卜东波

Bioinformatics 2023

参数信息

设计速度

20 seconds

平均TM-score

0.80

可溶性表达序列数

3

单体CD光谱一致序列数

1

技术优势

设计速度极快

平均每个蛋白仅需 20 秒即可完成设计，适用于大规模设计任务。

结构保真度高

设计序列的预测结构与目标结构高度一致，平均 TM-score 超过 0.80。

实验验证可行

为 CAT III 酶设计的 5 条序列中，3 条表达良好，1 条获得与天然蛋白一致的 CD 光谱，验证了设计序列的可表达性和正确折叠。

应用场景

• 蛋白质工程：快速生成与目标结构高度匹配的序列，加速功能性蛋白的理性设计。
• 酶设计：设计可溶性好且正确折叠的酶序列，如 CAT III 验证案例。
• 抗体设计：为抗体骨架设计稳定且结构保真的序列。
• 多肽药物设计：快速设计具有目标结构的多肽序列用于药物开发。