谷子Copiae插入变异

叶色性状关联

在7号染色体26.84-26.94 Mb区间发现的5002 bp Copia元件插入，与谷子叶色变异显著相关，为作物分子育种提供新的结构变异标记。

Zhang, Shuai · 刘松誉 · Cheng, Qian · 王向锋 · Zhao, Zhihai · Lai, Jingsheng

Plant Communications 2025

参数信息

Copia元件插入长度

5002 bp

GWAS群体规模

344

组装的基因组数量

8

关联区间

26.84-26.94 Mb

技术优势

找到叶色变异的关键结构变异

通过整合泛基因组、GWAS和可解释机器学习，在26.84-26.94 Mb区间内优先排序出包括5002 bp Copia插入在内的多个大效应变异，与叶色表型变异显著相关。

成本低且高效

该整合框架融合了泛基因组的高分辨率变异检测、GWAS的大规模定位能力和机器学习的变异优先排序，为解析作物农艺性状提供了成本低且高效的方案。

应用场景

• 谷子分子育种：以该变异为标记，筛选或改良谷子叶色相关性状。
• 作物标记辅助选择：用PCR或测序直接检测该插入，加速携带该变异材料的筛选。
• 叶色性状改良：靶向该位点进行基因编辑或杂交，定向改变谷子叶色。