马甲子T2T单倍型基因组
一套完整解析两种单倍型、覆盖端粒到端粒的高质量参考基因组，为鼠李科进化与育种提供关键资源。
Li, Jiao · 赵金 · 刘孟军 · Yang, Meng
Communications Biology 2025
参数信息
- 单倍型A大小
- 306.65 Mb
- 单倍型B大小
- 306.21 Mb
- Contig N50（单倍型A）
- 24.91 Mb
- Contig N50（单倍型B）
- 24.94 Mb
- 蛋白编码基因数
- 29000
技术优势
基因组完整无缺口
端粒到端粒组装，所有着丝粒和端粒均被完整预测，避免因缺口遗漏关键基因或调控元件。
单倍型解析更精细
两个单倍型分别组装并注释超过29,000个基因，等位基因特异性表达分析揭示单倍型间功能分化，为杂种优势和等位基因研究提供基础。
抗病基因可挖掘
NLR抗病基因呈根偏好表达，且等位拷贝表达更强，为枣砧木抗病性改良提供直接候选基因。
应用场景
- 鼠李科作物育种：提供全基因组序列用于比较基因组学分析和遗传变异定位，指导鼠李科作物遗传改良。
- 枣砧木遗传改良：直接从基因组中挖掘与砧木抗性、生长势相关的NLR等基因，用于分子标记辅助选择。
- 植物功能基因组学：为等位基因表达和功能分化研究提供单倍型解析参考，支持基因功能验证和调控网络解析。
- 抗逆基因挖掘：利用根偏好表达的NLR基因及其等位变异，筛选抗病候选基因用于抗逆育种。
- 药用植物次生代谢：通过分析叶片偏好表达的AsA代谢基因（如MDHAR串联重复）解析药用成分合成通路。