单细胞蛋白嵌入框架

统一去噪去批次

一个统一框架同时解决多肽量化不确定性估计、数据去噪、批次校正与细胞嵌入生成。

李巍 · 杨帆 · Wang, Fang · Rong, Yu · Bingzhe, Wu · 张瀚 · Yao, Jianhua

Nature Methods 2024

技术优势

统一解决四大难题

scPROTEIN 在单一框架内同时处理肽段定量不确定性、数据去噪、批次效应移除和细胞嵌入生成，避免了使用多个工具的繁琐流程。

适配单细胞蛋白质组数据特性

该框架专为单细胞蛋白质组学数据设计，包含基于多任务异方差回归的肽段不确定性估计和基于图对比学习的细胞嵌入生成，能够有效应对数据高噪声和缺失问题。

多种下游分析任务均适用

scPROTEIN 产生的嵌入可直接用于细胞聚类、批次校正、细胞类型注释、临床分析和空间蛋白质组数据探索，覆盖了单细胞蛋白质组数据分析的主要应用场景。

应用场景

• 多模态对齐分析：提供单细胞蛋白质组嵌入，便于与其他模态数据进行联合分析和对齐。
• 空间蛋白质组学：生成的嵌入可用于空间蛋白质组数据探索，辅助解析空间异质性。
• 临床样本分析：去噪和批次校正后的数据可用于临床样本分析，提高结果可靠性。
• 单细胞多组学整合：单细胞蛋白质组嵌入可作为多组学整合的输入，促进跨组学联合分析。
• 异构数据去噪：针对单细胞蛋白质组数据的高噪声和批次效应进行统一校正和去噪。