猪单核测序APA图谱

261类细胞全景

首张猪多组织单核水平可变多聚腺苷酸化图谱，覆盖19个组织261类细胞，揭示细胞类型特异性3'UTR调控模式。

王珍 · Bao, Qi · 张海涵 · Jianbo, Li · Liu, Zhuang · 黄洁萍 · 易国强

Genome Research 2025

参数信息

细胞类型数

261

覆盖组织数

19

技术优势

覆盖度最高

一次性提供猪19个组织261类细胞的APA注释，研究人员无需自行整合多套数据即可开展跨组织比较。

发育轨迹可追踪

沿精子发生和肌肉发生轨迹量化3'UTR长度变化，直接把APA动态用于鉴定控制细胞命运的关键基因。

找到繁殖候选位点

位于CD47基因3'UTR的SNP rs323354626显著影响剪接并与繁殖表型强相关，为猪育种提供可验证的功能标记。

应用场景

• 猪遗传育种：用CD47 3'UTR SNP作为繁殖性状标记，加速猪分子育种。
• 转录后调控：获取细胞类型特异的APA模式，解析RNA结合蛋白和miRNA对3'UTR的调控。
• 组织发育：跟踪精子发生和肌肉发生中3'UTR长度变化，鉴定发育关键基因。
• 单细胞组学：复用猪单核RNA-seq数据，补充转录后调控层面，丰富单细胞图谱。