新蛋白无需同源模板
将蛋白质结构预测建模为多目标优化问题并采用多种群差分进化求解,为缺乏同源模板的新蛋白提供可解释的预测新途径。
Hong, Jun · Zhan, Zhihui · Langchong, He · Xu, Zongben · Jun, Zhang
IEEE Transactions on Evolutionary Computation 2024
不依赖已知同源结构训练,因此可用于没有任何相似已知结构的新蛋白,这是AlphaFold2等深度学习方法难以覆盖的场景。
采用进化算法逐步优化构象,搜索过程和能量函数透明,研究者能理解结构预测的依据,而不是面对黑箱输出。
在CASP14竞赛所有可用无模板靶标(最长404残基)上排名中上,证明算法在与全球参赛方法比较时具有竞争力。