庐山香茶菜基因组

冬凌草素B合成关键

首个完成T2T组装的高质量参考基因组，为解析冬凌草二萜类抗癌成分的化学型差异提供分子基础。

Hao, Yang · 练从龙 · Jinlu, Liu · 于洪巍 · 赵乐 · Ni, He · Liu, Xiuyu · Xue, Shujuan · Sun, Xiaoya · Zhang, Liping · Wang, Lili · Yang, Jingfan · Yu, Fu · Ma, Rui · 张宝 · 叶丽丹 · 陈随清

GigaScience 2024

参数信息

基因组大小

349 Mb

contig N50

28.8 Mb

杂合度

1.7 %

重复序列占比

83.43 %

蛋白编码基因数

34865

技术优势

首个基因组序列

为庐山香茶菜提供了首个基因组序列和基因注释，填补了该化学型遗传信息的空白。

高连续性组装

contig N50达到28.8 Mb，支持完整基因结构解析和变异鉴定。

揭示化学型差异

比较发现二萜合成途径中的变异或特有基因主要富集在二萜合酶，为解释两种典型形态的化学型差异提供分子证据。

应用场景

• 二萜类抗癌药研发：定位冬凌草素B合成关键基因，加速抗癌先导化合物发现。
• 植物次生代谢工程：利用基因组信息改造二萜合成通路，提高目标化合物产量。
• 药用植物遗传改良：基于高连续性基因组开发分子标记，辅助选育优良化学型。