米根霉Y5菌株

烟草杆腐病标准病原

一个完成表型与全基因组测序的米根霉菌株,为烟草杆腐病的致病机制与防控研究提供了标准化的实验材料。

Zhen, Li · Shi, Caihua · Huang, Yang · 汪汉成 · Li, Wenhong · 蔡刘体

Frontiers in Microbiology 2023

参数信息

碳源代谢率
54.21 %
氮源代谢率
86.84 %
硫源代谢率
100 %
磷源代谢率
98.31 %
基因组大小
50.3 Mb
N50 长度
1785794 bp
最长 contig 长度
3223184 bp
预测蛋白编码基因数
12680

技术优势

碳源代谢谱明确

可代谢 54.21% 的测试碳源,其中 D-木糖、N-乙酰-D-氨基葡萄糖、D-山梨醇等 37 种碳化合物显著支持生长,为设计选择性培养基和营养调控提供依据。

氮源利用宽泛

可代谢 86.84% 的测试氮源,且 285 条不同氮通路均能支持生长,显示其对氮源变化的强适应能力。

基因组质量高

采用 Illumina 与 PacBio 混合策略装配,获得 50.3 Mb 基因组,N50 长达 1.78 Mb,最大 contig 3.22 Mb,注释了 12,680 个蛋白编码基因,为功能基因组研究提供可靠参考。

应用场景