菠萝T2T参考基因组

无缝组装无缺口

首个无缝菠萝参考基因组,结合人工整理的高质量基因注释,为菠萝基因组学与育种奠定基础。

Zhang, Wei · 陈程杰 · 刘慧 · Wu, Jing · Lin, Wenqiu · 何业华 · He, Junhu · 栾爱萍

Journal of Integrative Plant Biology 2024

参数信息

蛋白编码基因数
26656
BUSCO完整性
99.2 %
结构变异数
7209
结构变异附近基因占比
30.8 %

技术优势

无缺口组装

端粒到端粒的完整序列消除了以往基因组中的大量缺口,使基因和调控元件不再因缺口而遗漏。

注释更可信

整合多源证据并人工修订每个基因结构,BUSCO完整性达99.2%,确保基因集准确可用。

覆盖多品种

对野生、纤维和食用三个品种进行测序,弥补了此前仅覆盖两个品种的不足。

育种标记现成

鉴定出7,209个结构变异,30.8%的基因位于其附近,为开发分子标记提供直接资源。

应用场景