红锥染色体级基因组

为壳斗科基因组研究提供高质量参考资源，助力森林树种适应与演化研究。

Liao, Borong · Hui-Hui, Liu · 梁毅 · 薛晨 · 王宝生 · Xia, Hanhan

Frontiers in Plant Science 2023

参数信息

基因组大小

882.6 Mb

contig N50

40.9 Mb

BUSCO完整性

99.5 %

蛋白编码基因数

37,750

功能注释比例

97.91 %

重复序列比例

50.95 %

技术优势

连续性远超同类

contig N50达40.9 Mb，比近期发表的壳斗科基因组更高，有利于解析大片段结构变异。

注释完整度高

BUSCO评估达99.5%，37,750个蛋白编码基因中97.91%获得功能注释，为后续功能研究提供可靠基因集。

揭示适应机制

检测到锥属中大量基因家族扩张，涉及多种生物过程，可能促进该属对热带-亚热带气候的适应。

应用场景

• 林木遗传育种：作为高质量参考基因组，用于红锥及近缘种的基因定位、分子标记开发和辅助育种。
• 比较基因组学：提供锥属代表基因组，用于壳斗科内共线性分析、基因家族扩张收缩和进化研究。
• 植物适应与进化：通过扩张基因家族揭示热带-亚热带适应机制，为森林树种适应性演化提供线索。