深海海葵基因组

首次染色体级解析

揭示Hox基因簇超级阵列及昼夜节律基因丢失等深海适应机制,为刺胞动物基因组演化提供关键证据。

Law, Sean Tsz Sum · Yu, Yifei · 农文燕 · Lok Yee, So · Li, Yiqian · Ferrier, David Ellard Keith · Qiu, Jianwen · Qian, Peiyuan · 会暨

Proceedings of the Royal Society B: Biological Sciences 2023

参数信息

基因组长度
1.39 Gbp
基因模型总数
44970
tRNA 基因数
14806
蛋白编码基因数
30164

技术优势

基因组完整度达染色体级

与以往刺胞动物基因组多为片段化组装相比,本研究首次获得深海刺胞动物的染色体级基因组,为后续深入分析提供了基础。

同源盒基因排列超预期

最长染色体上存在 Hox 簇、HoxL、NK 簇和 NKL 同源盒基因的超级阵列,此前这种排列仅被推测存在于古老祖先基因组中,为动物基因簇演化研究提供了关键线索。

昼夜节律基因丢失

基因组中昼夜节律基因缺失,反映了对黑暗深海环境的适应,为研究极端环境下的生物钟演化提供了新案例。

microRNA 呈现演化特征

鉴定出刺胞动物特有的 microRNA 组成,其分布与嵌套分支相对应,暗示基因调控网络的渐进演化。

应用场景