大斯卡普染色体基因组

首个大斯卡普高质量染色体水平参考基因组，为雁鸭类比较基因组学提供了珍贵的基线资源。

Zhou, Shengyang · Xia, Tian · 高晓冬 · Lyu, Tianshu · Wang, Lidong · 王希宝 · Shi, Lupeng · Dong, Yuehuan · 张洪海

Scientific data 2023

参数信息

基因组大小

1.14 Gb

scaffold N50

85.44 Mb

contig N50

32.46 Mb

Hi-C 挂载率

98.28 %

BUSCO 完整性

97.0 %

重复序列含量

154.94 Mb

蛋白编码基因数

15953

基因功能注释率

98.96 %

技术优势

染色体级组装

基于 Hi-C 数据将 106 条 contig 聚类并挂载到 35 条染色体，覆盖约 98.28% 的基因组，为基因组结构和进化分析奠定基础。

高基因完整性

BUSCO 评估显示 aves_odb10 数据库中 97.0% 的高度保守基因完整存在，说明基因区组装质量可靠。

完整功能注释

预测了 15,953 个蛋白编码基因，其中 98.96% 获得了功能注释，为后续功能基因组学研究提供直接支持。

双重测序纠错

采用 Nanopore 长读长测序结合 Illumina 短读长纠错，在获得长片段连续性的同时提高了碱基准确性。

应用场景

• 鸟类遗传多样性：作为近北极分布的物种，其参考基因组可用于群体基因组学分析，评估遗传多样性和适应性进化。
• 基因组注释：提供高质量的基因结构注释，为雁鸭类比较基因组学和功能基因挖掘奠定基础。