白黄麻基因组重测序资源

对来自9个国家的150份白黄麻种质重测序，构建了基于326万SNP和118万InDel的变异图谱，揭示了育种改良相关的12个候选基因，为黄麻分子育种提供基因组工具。

Chen, Jiquan · Li, Alei · 唐蜻 · Deng, Canhui · Xiaoyu, Zhang · Xu, Ying · Cheng, Chaohua · Dai, Zhigang · 粟建光 · 杨泽茂

Industrial Crops and Products 2023

参数信息

SNP数量

3269808

InDel数量

1179601

遗传多样性π（地方品种）

3.34e-4

遗传多样性π（现代栽培品种）

2.79e-4

候选基因数量

12

技术优势

获得大规模变异图谱

在150份种质中鉴定到326万个SNP和118万个InDel，为全基因组关联分析和分子标记开发提供了丰富标记。

揭示驯化选择信号

现代栽培品种遗传多样性低于地方品种，且与C. olitorius相比选择更强，说明育种选择在基因组上留下了明显痕迹。

定位12个改良候选基因

通过π和FST分析鉴定到12个与改良相关的候选基因，其中3个可能参与甲基化/去甲基化，构成环境敏感的分子引擎。

应用场景

• 分子标记辅助选择：用SNP/InDel标记追踪目标性状，加速黄麻育种选择。
• 功能基因组学：围绕12个候选基因开展功能验证，解析黄麻改良的分子机制。
• 基因组选择育种：基于全基因组变异数据构建预测模型，提升黄麻选择效率。