黑核桃抗病基因组

高连续性基因组组装与泛基因组分析揭示东部黑核桃的抗病候选基因及脂肪酸合成关键基因，为核桃抗病育种提供核心资源。

Zhou, Huijuan · Yan, Feng · Hao, Fan · Yue, Ming · Woeste, Keith E. · 赵鹏 · Zhang, Shuoxin

Horticulture Research 2023

参数信息

基因组大小

540.8 Mb

scaffold N50

35.1 Mb

染色体挂载率

99.0 %

与 J. regia 的 InDel 大小

34.9 Mb

与 J. microcarpa 的 InDel 大小

18.3 Mb

技术优势

基因组连续性高

scaffold N50 为 35.1 Mb，99.0% 组装锚定到 16 条染色体，为基因定位和比较基因组分析提供可靠参考。

找到抗病候选基因

转录组分析在核桃壳和果皮发育阶段检测到五个 NBS-LRR 类抗病基因显著上调。

油脂合成基因明确

鉴定到 FAD 和 OLE 等种子油脂合成关键候选基因，可直接用于油脂改良。

应用场景

• 核桃抗病育种：利用基因组和抗病候选基因标记辅助选择，加速选育抗病品种。
• 木本坚果基因组育种：提供高质量参考基因组和泛基因组变异信息，支撑木本坚果的基因组选择。
• 坚果油脂改良：利用 FAD 和 OLE 等关键基因改良脂肪酸组成，提高油脂品质。